Valstybės tarnautoja atlieka šias funkcijas:
- įstaigos vadovo pavedimu atstovauja įstaigai santykiuose su kitomis įstaigomis, organizacijomis bei fiziniais asmenimis;
- priima su struktūrinio padalinio veikla susijusius sprendimus;
- rengia ir teikia pasiūlymus su struktūrinio padalinio veikla susijusiais klausimais;
- vadovauja struktūrinio padalinio veiklos vykdymui aktualios informacijos apdorojimui arba prireikus apdoroja struktūrinio padalinio veiklai vykdyti aktualią informaciją;
- vadovauja struktūrinio padalinio veiklų vykdymui arba prireikus vykdo struktūrinio padalinio veiklas;
- vadovauja su struktūrinio padalinio veikla susijusios informacijos rengimui ir teikimui arba prireikus rengia ir teikia su struktūrinio padalinio veikla susijusią informaciją;
- vadovauja su struktūrinio padalinio veikla susijusių dokumentų rengimui arba prireikus rengia su struktūrinio padalinio veikla susijusius dokumentus.
- valdo struktūrinio padalinio žmogiškuosius išteklius teisės aktų nustatyta tvarka;
- atlieka Lietuvos Respublikos vidaus kontrolės ir vidaus audito įstatymo 11 straipsnyje ir kitas teisės aktuose vidaus audito skyriaus vadovui numatytas funkcijas. Vykdo teisės aktų įgyvendinimo ir laikymosi priežiūrą (patikrinimų planavimas, jų atlikimas, šių veiklų organizavimas ir koordinavimas);
- teisės aktų nustatyta tvarka organizuoja vidaus auditų atlikimą ir audituojamų subjektų konsultavimą;
- organizuoja ir koordinuoja poauditinės veiklos (pažangos stebėsenos) vykdymą;
- organizuoja ir koordinuoja skyriaus veiklą bei keičiasi informacija su kitais audito vykdytojais, siekiant išvengti darbų dubliavimo;
- prižiūri skyriaus vidaus auditorių atliekamą vidaus auditą ir įvertina jų darbo dokumentų ir vidaus audito ataskaitos kokybę. Planuoja skyriaus veiką, sudaro skyriaus veiklos planus, juos teikia tvirtinti teisingumo ministrui;
- rengia ir teikia pasiūlymus su teisės aktų ir administracinių sprendimų įgyvendinimo ir laikymosi priežiūra susijusiais klausimais;
- vykdo kitus nenuolatinio pobūdžio su struktūrinio padalinio veikla susijusius pavedimus.